Effekten af magnetronen vil blive væsentligt formindsket, hvis målmaterialet er magnetisk, fordi de magnetiske feltlinjer er afskærmet af målmaterialet og har svært ved at passere igennem det for at danne et magnetfelt over målmaterialets overflade. Som følge heraf, når forstøvning af magnetiske materialer, skal magnetronmålets magnetfelt være stærkere på den ene side, og målmaterialet skal på den anden side gøres tyndere, for at lade magnetfeltlinjerne passere igennem det og frembringe en magnetroneffekt over måloverfladen.
Afhængigt af den anvendte strømkilde kan magnetronforstøvningsudstyr generelt adskilles i DC-forstøvning og radiofrekvensforstøvning. En DC-spænding er tilvejebragt mellem anodesubstratet og katodemålet under DC-magnetronforstøvning. Under påvirkning af det elektriske felt bombarderer kationen målet, og dens sputterhastighed er ofte ret høj. DC-forstøvning bruges dog ofte kun til metalmål, fordi med isolatormål fremkaldes den såkaldte "målforgiftning" ved at de positive partikler opbygges på måloverfladen, hvilket resulterer i en faldende forstøvningshastighed.Magnetronforstøvningsprincippet er som følger: Når elektroner accelererer og flyver til substratet under påvirkning af et elektrisk felt, kolliderer de med argonatomer og ioniserer et stort antal argonatomer og elektroner, mens de gør det. Under påvirkning af det elektriske felt fremskynder argonionerne bombardementet af målet og sputterer mange målatomer. De neutrale målatomer (eller molekyler) aflejres derefter på substratet for at danne en film. Når de accelererer og flyver til substratet, begrænses de sekundære elektroner i plasmaområdet nær måloverfladen af magnetfeltets Loren-magnetiske kraft. .
Dette område har en meget høj plasmadensitet. Magnetfeltet er hele vejen rundt om de sekundære elektroner. Målets overflade roterer i en cirkel. Vejen for elektronens bevægelse er meget lang. Det kolliderer kontinuerligt med argonatomer, når det bevæger sig, hvilket får et stort antal argonioner til at blive ioniseret og bombardere målmaterialet. Elektronernes energi falder støt efter adskillige møder, hvilket frigør dem fra de magnetiske kraftlinjers restriktioner. til sidst aflejret på substratet efter at være blevet fjernet fra målet.
